Kdy byla přesně obec Mutějovice založena není známo a prameny o její historii jsou spíše útržkovité. První zmínka pochází z roku 1325, kdy král Jan Lucemburský vysadil Mutějovice zákupním právem a obci přidělil 33 lánů dědin, z nichž 2 lány svobodné dal faráři, 1 svobodný lán rychtáři, aby vybíral úroky a platy a odváděl je hejtmanovi. 31 lánů převzali osadníci, kteří platili z lánu 56 grošů úroků, 8 strychů ječmene, 10 strychů ovsa a 10 slepic.  V roce 1337 byly Mutějovice zastaveny se všemi právy a příslušenstvím Jindřichovi z Kaufunku, který půjčil králi Janovi 650 b. V roce 1343 potvrdil markrabě Karel Jindřichovi zástavu. Roku 1346 náležela obec opět ke Křivoklátu a byla společně s ním v letech 1422 – 1454 zastavěna Alši ze Šternberka. Přes obec vedla zemská stezka z Prahy do Žatce a dále Saska. Clo na její opravu se vybíralo směrem ke Křivoklátu právě v Mutějovicích. Roku 1473 podstoupil král Vladislav Jagellonský clo Jindřichovi z Kolovrat na Krakovci. Jindřich prodal r. 1501 oboje clo obci města Rakovníka za 300 b. Tím rakovničtí převzali povinnost udržovati silnici v dobrém stavu. Václav z Pibru, který koupil r. 1539 dvůr v Kounově, bezprávně vymáhal značně velké clo. I jiných nesnází zakusili Mutějovičtí. Museli si v Mutějovicích vydržovat celníka, který je šidil. Roku 1553 prosili rakovničtí krále, „aby daroval k městskému záduší 2 poddané v Mutějovicích, totiž Maška se 2 lány a Filipa s 1 a 1/2 lánem, kteří při vjezdu a výjezdu ve vsi obývají a tu by clo vybírali“. Jejich žádosti nebylo vyhověno, ale nezapomnělo se na ni. Král Maxmilián II. Habsburský r. 1565 nařídil krčmáři, aby pro Rakovnické clo vybíral. Se svolením hejtmana Metycha r. 1585 koupili rakovničtí od Burjana z Nostic v Kounově novou silnici z Mutějovic do Kounova upravenou, zřídili most přes strouhu a pod titulem opravy mostu vybírali clo od vozků jedoucí k Mutějovicům. Měli proto časté spory. Roku 1604 umístili v Mutějovicích svého souseda Pavla Bavorovského a dali mu instrukci, „aby vybíral clo a kdo by to nebral na zřetel, aby ho oznámil“.

Roku 1554 zastavěl král Ferdinand I. Habsburský za 5000 b Jeronymovi Hrobčickému vsi Řevničov, Hředle a Mutějovice se všemi platy a kostelními podacími. Pokud by král dluh do roka nezaplatil, zástava se prodlužuje na dalších 5 let. Hrobčický téhož roku nařídil rychtáři Vaňkovi, „aby na svých gruntech provozoval myslivost s ručnicí k ruce Hrobčickému“. Mutějovice byly z této zástavy vyplaceny až roku 1558 a s ostatními vesnicemi vráceny ke Křivoklátu. Hrobčický měl ovšem v Mutějovicích pohledávky za ospy a roku 1561 prosil arciknížete Ferdinanda I., aby poddané pohnal ke komornímu soudu.

Křivoklátsko měli postupně v držení arcikníže Ferdinand I. (1565 – 1577) a Jiří z Lobkovic (1577 – 1579). Mutějovští zůstávali dlužni i arciknížeti a v roce 1572 žádali o prominutí dluhu, ale jejich žádost byla zamítnuta a arcikníže nařídil hejtmanovi, aby dluh pomalu vymáhal. V roce 1589 hlásil hejtman Prollhofer české komoře: „Lidé v Mutějovicích drží 3/4 lánu dědiny, z ní úrok a slepice platí, ale ospů dáti nechtějí, ač dokladů nemají.

Roku 1634 vtrhl do kraje plukovník Gallas s 300 muži a 400 koňmi. V Mutějovicích ovšem pustošili nejvíce. Roku 1647 ležel ve vsi generál Holzapfel, jehož vojáci zde též pustošili a pálili. Roku 1651 bylo ve vsi 17 osedlých a 18 spálených statků. Z obyvatel bylo 91 katolíků a 8 nekatolíků.

Osadníci v Mutějovicích si stěžovali, že obdělávají 474 strychů dědin, 583 strychů je zarostlých, a že na ně byla uvalena veliká robota, proto ospy 288 strychů ječmene a 360 strychů ovsa dávati nemohou. Vrchnost změnila ospy na plat peněžitý 234 kopy. Roku 1735 byl obci přiznán les Na Horách, přestože nebyl zapsán v urbáři. Je zde uvedena též poznámka o sporu obce s panstvím na Lipně o polovinu starého zámku. Od r. 1778 robotovalo 22 potažných sedláků po 3 týdnech, mimo to v létě po 2 dnech ručně, 10 chalupníků po 3 dnech v týdnu ručně, 9 domkářů po 13 dnech do roka. Roku 1806 zachvátil obec požár, při kterém vyhořelo 47 stavení i s kostelem.